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PC-8881とPC-9881が逆だったとは、気付いていませんでした。
ということはPC-8881が左側に置く用、PC-8881(1)とPC-9881が右側に置く用ということになります。

このPC-80S31Kはディスケットの向き（ラベルの面）から考えて右側設置を想定していると思います。

ドライブの番号は......
上記のどちら側に置くと想定しているかを元に、本体に近い側をドライブ1にしているのではないでしょうか。